Le Cappelle Medicee ospitano le tombe di oltre 50 esponenti della nobile famiglia fiorentina.
Oltre alla Cripta dove sono sepolti i Medici fanno parte del complesso la Cappella dei Principi e la Sagrestia Nuova con le tombe di Lorenzo il Magnifico e di Giuliano de’ Medici.
La Sagrestia Nuova fu ideata da Michelangelo che iniziò i lavori nel 1520. Durante i lavori alla Sagrestia Nuova, Firenze visse alcuni degli episodi più bui della sua storia con la cacciata dei Medici e l’assedio di Firenze repubblicana nel 1530.
La Cappella dei Principi era destinata per essere il monumentale mausoleo di famiglia ed ospita i cenotafi dei Granduchi di Toscana. Ogni nicchia doveva contenere una statua, ma oggi restano solamente quelle di Ferdinando I e di Cosimo II.
Nella Cappella sono presenti anche gli stemmi delle città principali del Granducato di Toscana mentre la cupola è affrescata con episodi della Genesi e del Nuovo Testamento.
Nel Museo delle Cappelle Medicee sono presenti numerosi reliquiari medioevali raccolti durante il periodo del Granducato di Toscana.
Il Granducato di Toscana ebbe un notevole numero di reliquie rispetto ad altri Stati soprattutto grazie al Cardinale Giulio de’ Medici, futuro papa Clemente VII, che contribuì in maniera determinante alla crescita arricchendo di reliquie provenienti spesso dalle catacombe romane e sottratte allo Stato Pontificio.